Животът в сладководните водни тела и регионалните морета в Европа не е в добро състояние. Лошото състояние на екосистемите оказва пряко въздействие върху много животни и растения, обитаващи водната среда, и засяга други видове, както и хората, които зависят от наличието на чиста вода. Състоянието на европейските морета е много тежко, главно поради прекомерния риболов и изменението на климата, докато сладководните водни тела страдат от прекомерно натоварване с нутриенти и промени в местообитанията. Замърсяването с химикали оказва отрицателно въздействие както върху сладководните, така и върху морските екосистеми.